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https://youtube.com/shorts/HUgfvB-rV64 구글 스프레드시트를 활용해 원하는 뉴스를 자동으로 메일로 받는 방법! 먼저, newsapi.org에 가입하고 API키를 발급 받아주세요. 구글 스프레드시트에서 Google Apps Script를 열고, API키로 뉴스를 불러올 수 있는 스크립트를 작성해야 합니다. 이때 스크립트는 GPT에게 작성해 달라고 하시면 됩니다! 마지막으로, 정해진 시간에 뉴스들을 메일로 받게 하기 위해서 Google Apps Script에서 트리거 설정을 하시면 됩니다. 이렇게 매일 최신 […]

https://youtu.be/as9TyKvKQLM 본 특강은 급속도로 발전하는 인공지능(AI)이 교육에 미치는 영향을 탐구하고, 이를 통해 교육 혁신의 가능성을 모색하는 것을 목표로 합니다. 특히 사범대학의 관점에서 인공지능의 다양한 활용 사례와 도구를 소개하고, 교육 현장에서 인공지능 기술이 어떻게 적용될 수 있는지를 제시합니다. 강의에서는 AI의 정의와 발전사를 시작으로, AI의 핵심 기술(머신러닝, 딥러닝, 자연어 처리 등)과 최근 발전 속도에 대해 설명합니다. 또한, […]

https://youtube.com/shorts/sCLKnNLq8kk “”내가 만든 첫 번째 게임, 클래식 테트리스! 왠만한 기능은 다되도록 했습니다.! GPTS에서 Grimoire을 사용해서 만든 게임인데 추가하면 할수록 기능을 더 넣을 수 있더군요. 디버깅도 하면서 하네요.”

https://youtube.com/shorts/O58xNMka92Q AI로 혁신하는 맞춤형 교육 관련 쇼츠를 Veed를 사용하여 AI로 자동 생성한 영상입니다. 

Welcome to the English introduction of Hannam University’s Startup-Centered University program. Discover how Hannam University is fostering innovation and entrepreneurship, providing support and resources to empower the next generation of leaders and innovators. Learn about our dynamic startup ecosystem and how we’re helping students turn their ideas into successful businesses.

https://youtu.be/PQhLhOsQ6GQ HTS에서 자주 hit가 되는 반응성 있는 화합물군들을 Knime에서 하부구조검색을 통해 한꺼번에 제거하는 과정을 실습합니다.

https://youtu.be/ngQZu3cNiOg Knime에서 분자지문(molecular fingerprint)를 이용하여 많은 library분자들로부터 대표하는 다양한 library로 선택하는 과정을 실습합니다.

https://youtu.be/KwtAxw2HU1g Knime에서 2차원 화학구조로 부터 가상탐색(virtual screening)에 활용할 수 있는 다양한 conformer구조들을 분자역학(molecular mechanics)적 방법으로 생성하여 저장하는 방법을 실습합니다.

Knime에서 화학구조 및 처리 계산등에 사용하는 community node인 RDKIT을 설치하고, 이를 통해 구조 및 inchi, smiles코드를 생성과정을 실습합니다.

https://youtu.be/uX3HsA1HakE Knime 에서 Java code를 삽입하여 사용하는 Java Snippet의 사용법을 설명합니다.

https://youtu.be/6tVFfnC55mg Knime 에서 사용하는 데이터를 조절/조정하는 처리과정을 설명하도록 하고, 이를 행과 열에 따라 조절할 수 있는 방법을 소개합니다.

ㅏ https://youtu.be/gd8nJVDQojQ Knime 에서 일반적으로 많이 사용하는 데이터를 읽고 쓰는 방법과 분자구조 파일을 읽고 쓰며, 다른 파일형태로 변환하는 방법을 소개합니다.

https://youtu.be/H2YdHbfRNCs 바이오화학 정보학 도구인 Knime에 대한 기본 설치 방법 및 기본 화면을 설명하는 영상입니다. 

https://youtu.be/9AVPz_TRXmE ChEMBL은 European Bioinformatics Institute (EBI)에서 운영하는 신약탐색을 위한 web기반 공개 데이터베이스 입니다. 의약화학을 중심으로한 과학문헌으로부터 화합물, 활성, 시험, 표적에 대한 데이터를 분류하여 표준화한 데이터베이스로, 바이오화학연구분의 빅데이터 분석소스입니다. 이 사이트의 사용방법을 설명한 동영상입니다.

NIH산하 국립의약도서관에서 운영하는 세계에서 가장 많이 사용하는 web기반 화학 데이터베이스 입니다. 700여개 이상의 데이터소스로부터 자료를 총망라하였으며, 바이오화학연구분의 빅데이터 분석소스입니다. 이 사이트의 사용방법을 설명한 동영상입니다.

https://youtu.be/0FnFyfq0zsQ?si=KhDldgJtbQvH_kmv JChem for Excel을 이용하여 다중분자에 대하여 구조검색을 하는 실습과정을 설명하고 있습니다. 해당 프로그램은 다음의 사이트에 다운 받아서 사용할 수 있으며, academy free이므로 홈페이지에서 로그인한 뒤에 라이센스를 신청하시기 바랍니다. https://chemaxon.com/jchem-for-office 

https://youtu.be/PmdUZSkSmn0?si=E7vVRrzEfpq4bmqD JChem for Excel을 이용하여 다양한 분자구조들의 데이터를 다루는 방법을 실습으로 설명하고 있습니다.해당 프로그램은 다음의 사이트에 다운 받아서 사용할 수 있으며, academy free이므로 홈페이지에서 로그인한 뒤에 라이센스를 신청하시기 바랍니다. https://chemaxon.com/products/jchem-f…

https://youtu.be/IxB8zXBfbFM?si=h_EBb1MYO5zkm599 MarvinSketch를 이용하여 다양하게 분자구조를 나타내는 방법을 실습하여 설명하는 영상압니다. 이 프로그램은 사용하기 해서는 홈페이지를 통해서 로그인후 교육용 라이센스를 발급 받아야 합니다.  Using MarvinSketch, we explain how to represent various molecular structures in practice. The program can be downloaded and used on the following site (https://chemaxon.com/products/marvin), and academy free for educational purposes. Please log in […]

https://youtu.be/7vXsTP9_gag?si=93o6fXG83EgRzpT2 서지정보관리를 위하여 사용되는 Elsevier사의 Mendeley의 사용법과 그 기능을 소개하고 있습니다. 다양한 학술DB(scopus, sciencedirect, pubmed, google 학술정보)로부터 서지정보를 수집하고, 이를 체계적으로 관리할 수 있습니다. 또한 다른 사용자들과 관련 자료를 공유할 수 있으며, 원문pdf에 주석을 포함하여 함께 관리할 수 있습니다. 이를 바탕으로 원하는 투고논문의 참고문헌 형식으로 정리할 수 있습니다. 본 영상은 실제 mendeley를 사용한 예를 통한 […]

https://youtu.be/cEXm27x4ly8?si=DOI6Hc6XopueOROT ChemAxon사의 MarvinSketch와 marvinview를 이용하여 2차원 분자구조의 3차원 conformational search를 수행하여 보여줍니다.

https://youtu.be/0t9__oYxhBQ?si=3oEQtn5wBBUxMb_R MOE프로그램을 시용하여 ligand-receptor간의 복합체로부터 pharmacohore모델을 생성하고 docking과정을 나타내었습니다.

https://youtu.be/53fWnrq4S00 MOE프로그램을 시용하여 활성을 지니는 ligand들로 부터 pharmacohore모델을 생성하고 검색하는 과정을 나타내었습니다.

https://youtu.be/GSOBgd_ilWc?si=bFGKpago33wx8SHX MOE 프로그램을 이용하여 단백질의 서열정보만으로 단백질 구조를 예측하는 homology modeling 과정을 시연으로 보여줌. Demonstrate the process of homology modeling using the MOE program to predict protein structures based solely on protein sequence information.

https://youtu.be/wMYhd-S06HU?si=CPPK46BhuF7fjwLB 서지정보 데이터베이스인 scopus를 이용하여 논문 검색 방법들을 보여주는 실습 동영상입니다.

https://youtu.be/V_orjEk2UkQ?si=oYItLiRQD55fwDpO 서지관리용 프로그램인 endnote를 사용하는 동영상입니다. 특히 scopus와 연결하여 사용하는 과정을 실습으로 보여드립니다.

https://youtu.be/W9Wjj89cTcQ?si=1s-GEf6YeIEv0oZc MOE 프로그램을 이용하여 작은 분자의 conformational search를 통해서 존재할 수 있는 다양한 conformer들을 생성하는 과정과 semi-empirical method로 계산되는 MOPAC계산 결과를 통한 시연으로 보여주고 있습니다.

https://youtu.be/G0OSEnKXod4?si=zjhdovKpQFBe6Vp6 신약설계 프로그램인 MOE를 이용한 분자 시각화 부분을 나타낸 동영상입니다.

http://www.slideshare.net/slideshow/embed_code/27192478논문 잘 읽는 법 from Suhkyung Kim

REACh법안이 발효되면서 유럽에서는 지속적으로 기업의 비용부담을 줄이기 위하여 QSAR모델 개발과 관련된 프로젝트들이 진행되어 왔다. 이중에서 특히 사용가능한 대외적인 프로그램들이 있어서 소개하고자 한다. CAESAR : CAESAR은 EU에서 출자한 프로젝트로 주로 REACh제도에 활용하기 위한 QSAR모델을 개발하는데 그 목적이 있으며, 현재 5종의 endpoint에 대하여 예측모델을 제공하고 있다. (http://www.caesar-project.eu/)1) Bioconcentration Factor2) Skin Sensitization3) Carcinogenicity4) Mutagenicity5) Developmental Reprotoxicity DEMETRA : […]

현재 EU의 신물질환경법안인 REACh법안과 관련되어 기업과 규제당국이 활용할 수 있는 QSAR방법에 대한 교육홍보 자료가 있어서 올립니다.  QSAR introduction and regulatory perspectives–  http://vimeo.com/publicspace/qsars-in-reach-regulatory-perspectives What makes a good QSAR model?– http://vimeo.com/publicspace/qsars-in-reach-what-makes-a-good-qsar-model  QSAR : industry perspectives– http://vimeo.com/publicspace/qsars-in-reach-industry-perspectives QSAR Future directions   &  List of contributors– http://vimeo.com/publicspace/qsars-in-reach-future-directions

 가끔 학생들이 질문하는 것 중에서 학교에서 전자저널 서비스를 받을 수 없을 경우에,  논문을 찾을 수 있는 방법에 대하여 물어본다. 옛날에는 전자저널이 없어서 당연히 논문 소장 장소를 찾아서 알아보는 것이 기본이었으나, 요즘에는 전자저널로만 찾기 때문에 전자저널로 찾을 수 없는 경우에는 대부분 학생들이 포기를 하는듯 하다. 우리 실험실 학생들의 경우에는 주로 실험 데이터들을 논문에서 찾아야 하므로 전자저널화 되기이전 즉 […]

Accelrys사의 Pipeline Pilot(약어PP)은 모두들 알다시피, 비즈니스, 과학 모델링 및 모사을 종합적으로 다루는 workflow형태로 visual programming이 가능한 platform이며, windows/linux에서 사용할 수 있다. 현재 Academic에서는 6.1버전까지 무료로 사용할 수 있는 장점이 있다. 최근에 다양한 프로그램을 제공하는 ChemAxon사에서는 JChem에서 사용가능한 기능을 PP에서 component로 사용할 수 있는 모듈을 제공하고 있다. 물론 이 부분도 Academic teaching과 research로 구분하여 license를 무료로 […]

어제 학생들에게 대용량 text를 다루어야 하는 과제를 내 주었다.처음이라 당황하기도 하지만, 그래도 노력하려는 모습이 보기 좋다. 도움을 주기 위해 몇자 적어보도록 하겠다. 학생들의 고민거리 일단 무료가 사용하기 편리한 text editor는 무엇이 있을까? 500M이상의 대용량 text파일을 editor로 열지 않고 간단하게 앞부분 만 볼 수 있는 방법이 없을까? 혹시 이것을 Linux/Unix환경이 아닌 windows에서 가능할까? 간단한 답변 당연히 […]

가끔씩 wife가 좋은 글을 보면 나에게 메일로 보내곤 한다.오늘도 좋은 글이 있어서 나에게 보내주었는데, 함께 보면 좋을 것 같아서 여기 남긴다. [1만 시간의 법칙]한 분야에서 1만 시간의 노력을 기울이면 누구나 아웃라이어가 될 수 있다.- ‘아웃라이어’의 저자 말콜 글래드 윌- 1만 시간은 대략 하루 세 시간, 일주일에 스무 시간씩 10년간 연습한 것과 같다. 계속해서 나아가라.그러면 기대하지 않은 순간에 기회와 […]

mind map은 다들 잘 알겠지만, 중심 단어나 생각을 중심으로 다른 단어와 생각, 작업등을 시각적으로 배열하고 연결하는 brainstorming 방법이다. 이 방법은 주로 생각을 만들어 내고, 시각화하고, 구조화하거나, 글을 쓸때 또는 의사결정 및 문제해결, 조직화 및 연구등에 도움을 준다. 우리 실험실에서도 학생들이 이러한 방법을 널리 활용하게 하기 위해서 범용으로 사용가능한 프로그램을 확인해 보았다. 실제로 나는 전에 연구소에서 […]

오늘 학생들과의 면담에서 영어논문을 읽는 부분에 대한 조언을 하게 되었다. 영어논문을 읽는것에 익숙하지 않는 학부학생들에게 이 부분을 숙달시키기 위해서는 쉽게 빠르게 서전을 찾아서 읽어보는 부분에 대한 이해가 필요한 것 같다.그래서 pdf파일에서 영어사전을 찾아보는 부분을 조언해 주려고 생각을 해보니, 이전에 나의 경우는 주로 Collins cobuild사전이나 oxford사전을 구매시에 주는 영어사전 cd를 이용하고 있지만, 대체적으로는 학생들은 아래한글에서 제공하는 […]

2009년 여름부터 블로그를 시작하려 합니다. 제가 관심을 가지는 내용을 중심으로 주로 글을 쓰려고 합니다.