Accelrys사의 Pipeline Pilot(약어PP)은 모두들 알다시피, 비즈니스, 과학 모델링 및 모사을 종합적으로 다루는 workflow형태로 visual programming이 가능한 platform이며, windows/linux에서 사용할 수 있다. 현재 Academic에서는 6.1버전까지 무료로 사용할 수 있는 장점이 있다.
최근에 다양한 프로그램을 제공하는 ChemAxon사에서는 JChem에서 사용가능한 기능을 PP에서 component로 사용할 수 있는 모듈을 제공하고 있다. 물론 이 부분도 Academic teaching과 research로 구분하여 license를 무료로 제공하고 있다.
그러므로 무료로 제공되는 2가지 프로그램을 복합적으로 사용하면 여러가지 일들을 진행할 수 있다. 여기서는 PP에 ChemAxon모듈을 component로 사용하기 위한 설치방법을 설명하고자 한다.
- 먼저 ChemAxon의 PP component를 down받아서 설치하도록 한다. 여기서는 기본 전제로 PP가 설치되어 있다고 가정한다. Academic student version에서도 설치는 가능하다.
- down받은 파일을 PP가 설치된 폴더아래의 apps에 전체 압축을 풀도록 한다. 대체적으로 PP가 설치될때 폴더를 변경하지 않았다면, 기본적으로 C:\Program Files\SciTegic\apps 경로에 압축을 풀면 된다. 압축을 풀면 apps폴더 아래에 chemaxon이라는 폴더가 생기고 그 안에 파일들이 들어가 있을 것이다.
- 이제는 필수적인 library를 복사해야 한다. 여기서는 JChem이 미리 설치되어 있어야 하고, 설치된 JChem의 lib폴더내의 파일들을 모두 복사하면 된다. 만일 설치되어 있지 않다면, ChemAxon JChem사이트에서 다운받도록 한다. JChem이 설치된 폴더안에 lib라는 폴더가 있다. 이 폴더 안에 있는 모두 파일을 \apps\chemaxon\toolkit\lib 아래에 모두 복사하도록 한다.
- JDBC JChem database접근을 위해서 JDBC driver jar files(“ojdbc14.jar”)을 \apps\chemaxon\toolkit\extlib에 복사하여 한다. 만일 가지고 있지 않다면 http://download.oracle.com/otn/utilities_drivers/jdbc/10204/ojdbc14.jar에서 받기 바란다. 이 부분은 만일 JChem database를 사용하지 않는 다면 무시해도 좋다.
- text editor를 이용하여 \apps\chemaxon\toolkit\package.conf 을 열어보면 여러 파일들의 경로를 확인할 수 있다. 설치된 프로그램의 경로 및 이름이 다르다면 여기서 직접 변경하면 된다. 1-4과정을 그대로 수행했다면 신경쓸 필요가 없다.
- 이제는 PP에 설치된 ChemAxon을 component로 등록할 차례이다. 먼저 명령프롬프트를 실행한 다음에, PP가 설치된 폴더 아래의 bin폴더로 이동한다(cd c:\program files\Scitegic\bin). 폴더를 이동하였으면 “pkgutil -r chemaxon/toolkit”라고 치고 enter키를 눌러서 실행시킨다. 성공적으로 설치되었다는 메세지가 보이면 나온다.
- PP를 실행하여 chemaxon component를 확인한다.
- 만일 일부 기능이 작동되지 않는다면, 아마도 chemaxon의 license파일을 PP가 인식하지 못하는 경우일 것이다. 이럴 경우에는 그 위치를 정확하게 확인하여 설정을 해주어야 한다. PP의 Pipeline Administration Portal에서 Globals에 New Property로 CHEMAXON_LICENSE_URL을 New Value에는 license.cxl의 경로를 설정을 해주어야 한다.
- 그래도 license에 문제가 있다면, PP상에서 error가 나타난 component에서 detail을 확인하면 PP에서 license파일을 어디로 설정하고 있는지에 대한 정보가 나온다. 그 폴더로 ChemAxon사에서 받은 license를 copy해 놓으면 된다. 일반적으로 c:\Documents and Settings\Default User\chemaxon\license.cxl로 설정되어 있으므로, 그곳에 license파일(license.cxl)을 복사해 놓으면 된다.
- 마지막으로 PP에서 html상에서 marvin이 실행되려면, JChem이 설치된 폴더아래에 있는 marvin폴더를 다음폴더로 복사를 해놓으면 된다. /apps/scitegic/core/web/bin/
위의 과정대로 설치를 하면 다음과 같은 형태로 protocol과 component들이 추가되게 된다.
먼저 ChemAxon component를 사용하면 가능한 기능은 다음과 같다.
- ChemAxon에서만 계산이 되는 물성 가능 (pKa, logD,isoelectric point)
- Markush structure enumeration
- chemical structure의 standardizer기능(aromatize,clean 2D-3D, Keep largest fragment)
- 구조에 IUPAC name 자동 생성
- Maximum Common Substructure(MCS)를 기반으로한 화학구조의 clustering
- Tautomerization 생성
- 3D conformer generation
- Database connection 등
더 자세한 자료를 보기 원하면 다음 파일을 참고하길 바란다.